La commune de Saint Seine en Bache se trouve à 9 km au sud d'Auxonne et à 11km à l'ouest de Dole (Jura) . Elle occupe une superficie de 838 ha qui est traversée par les autoroutes A36 et A39. La commune est desservie par les RD24 et RD31 qui se croisent au niveau du village. L'habitat se compose d'un bourg principal  et d'un hameau : Saint François.       TOPOGRAPHIE : le territoire communal présente une topographie molle, bosselée; le plus haut se situe à l'est de la commune, coté Jura, à 205 m. d'altitude, le point le plus bas à l'extrémité ouest en bord de Saône à 180 m.