dans la seconde moitié du XVème siècle, le Charollais est soumis aux incursions des écorcheurs, à la famine et à la peste. après 1550, CHAROLLES est annexée à la couronne de France. le Comté passera alternativement entre les mains de la couronne de France et d'Autriche avant de revenir au Royaume d'Espagne le charollais revient à la France à la fin du XVIIIème siècle.
pendant les guerres de religion, CHAROLLES est pillée et incendiée. les Clavinistes dévastent le Prieuré. les XVIIème et XVIIIème siècles voient se développer pillages, épidémies, famines et inondations.
en 1637, le couvent des Visitandines, aujourd'hui lycée et Tribunal d'Instance est édifié.
en 1760, les Echevins acquièrent le Champ de foire au pied de la Tour de Charles le Téméraire; cest ici que se tiendront toutes les foires de CHAROLLES.
l'Hôpital se construit entre 1843 et 1845; la faïencerie PROST est créée en 1844 et emménage dans le château de la Magdeleine, face à l'Hôpital, en 1857.
en 1867, est inaugurée une nouvelle église.