Le bourg de Fley est situé sur la voie romaine Macon-Autun, construite sous Agrippa. Au XIIème siècle Brunhéau, reine d'Austrasie, qui habitait Autun, fit renover cette voie. La rue ferrée actuelle, s'embranchait sur cette voie et permettait de monter à la tour du guet, sur le Mont Bouzu. Cette tour fut remplacée par un moulin à vent en 1855. Au haut moyen âge, la "villa" de Fley comprenait 50 "manses" et une église qui était la propriété du "fisc" et que Charles le Chauve donna en 876 à un de ses fidèles, nommé Odilon, de qui elle passa plus tard à Cluny.

L'église actuelle de Fley est du XIIème siècle, Construite par les moines de la Ferté, elle est de style roman, placée sous le vocable de Sainte Euverte (évêque d'Orléans au VIème et VIIème siècles), les chapelles furent construites en 1859, à l'époque où Fley comptait plus de 700 habitants.

A Rimont la vieille chapelle Saint-Pierre date elle aussi du XIIème. L'église néo-gothique de l'ancien séminaire fut terminée en 1863, les bâtiments en 1875, ils sont occupés par la congrégation Saint-Jean depuis 1982.

Jusqu'à la Révolution, un prieuré existait à Fley. Il appartenait aux moines de la Ferté-sur-Grosne. Sous l'Ancien Régime, Fley dépendait des Etats du Mâconnais et Rimont du Chalonnais. Tous deux étaient rattachés à la seigneurie de Bissy-sur-Fley et à l'Evêché de Chalon. A la fin du siècle dernier, il y avait 18 calvaires sur la commune. On en trouve encore 13.
Un passé industriel récent : la plâtrière du Mont Bouzu. En 1849, une exploitation minière de gypse est ouverte, l'extraction et la production de plâtre durera jusqu'en 1961.